Las ciudades establecidas en los márgenes de los ríos arrojan permanentemente basura, residuos sólidos urbanos y cloacales y efluentes industriales.

Los barcos también liberan hidrocarburos y sus propios residuos. Las actividades mineras contaminan el agua en sus procesos de explotación. Las prácticas agropecuarias lo hacen mediante los agroquímicos utilizados en los cultivos y los desechos de la ganadería que desembocan en ríos escurriendo a través del suelo.

Los residuos pueden ser consumidos por la fauna del rio y así se incorporan a la cadena alimentaria llegando a nosotros cuando ingerimos estos productos (como peces, mariscos, etc.).

Algunos de estos desechos quedan suspendidos en el agua produciendo la reducción de la luz que penetra. Esto disminuye los procesos de fotosíntesis y reduce la producción de oxígeno en el agua afectando a las especies que allí habitan.
Finalmente, estas partículas caen, se depositan y afectan a la fauna y flora que vive en el fondo de los ríos.

La contaminación también disminuye el acceso al agua potable de todas las poblaciones que dependen de ella.

El cambio climático, por su parte, genera un aumento en la temperatura del agua que repercute inmediatamente en la proliferación de bacterias, funcionando como caldo de cultivo e incrementando las enfermedades como cólera o diarreas.
También afecta la biodiversidad y genera la migración o extinción de especies.

El aumento de la temperatura, sumada a los residuos orgánicos y a los nutrientes arrojados en el agua, provoca el aumento de poblaciones de algas (en algunos casos tóxicas), que disminuyen el ingreso de luz. Así, nuevamente se ve reducida la producción de oxígeno, dado que afecta los procesos de fotosíntesis.
Este fenómeno, llamado eutroficación, afecta a gran parte de los ríos sudamericanos.